KZPR powstało na fali protestów trwających w czasie skupu rzepaku w 1999 roku. Założyciele Krajowego Zrzeszenia Producentów Rzepaku wyrazili konieczność utworzenia organizacji w celu obrony i reprezentowania interesów swojej branży.

W poszczególnych okręgach odbyły się wybory do władz OZPR, wybrano też delegatów na Walny Zjazd, który odbył się 3 lipca 2001 roku. Na zjeździe wybrano władze KZPR na dwuletnią kadencję.

W czerwcu 2002 roku uruchomiono biuro KZPR w budynku Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi w Warszawie, przy ul. Wspólnej 30. Dyrektorem biura mianowano mgr inż. Ewę Myśliwiec.